Вообще, ниндзя, или ниндзюцу - это разорившиеся самураи. У них не было ничего, кроме умения убивать и сражаться. Но как правило, их использовали в качестве разведчиков, благодаря умению бесшумно наблюдать. В более позднее время в ниндзя стали покупать детей крестьян и обучать этому ремеслу.
А шиноби - это человек, занимающийся шпионажем, но сам при этом не являющийся ниндзя.